Il en fut le gouverneur jusqu’à la mort d’as-Saffâḥ. Lorsque as-Saffâḥ mourut, il revendiqua la succession pour lui-même, et al-Manṣūr dépêcha contre lui Abû Muslim al-Khurâsânî, qui le vainquit. ‘Abd Allâh s’enfuit alors chez son frère Sulaymân ibn ‘Alî, gouverneur de Bassora, où il demeura caché un certain temps. Ensuite, al-Manṣūr découvrit son affaire, le convoqua et l’emprisonna.
Au cours de cette même année, al-Manṣūr décida de se rendre en pèlerinage et appela son neveu ‘Îsâ ibn Mûsâ – qui était désigné comme héritier à la suite d’al-Manṣūr conformément au testament d’as-Saffâḥ – puis il lui remit son oncle ‘Abd Allâh ibn ‘Alî en lui disant : « Celui-ci est mon ennemi et le tien ; tue-le en mon absence et ne tarde pas. » Al-Manṣūr partit pour le pèlerinage et, depuis la route, il écrivait à ‘Îsâ pour le presser, répétant : « Qu’as-tu fait de ce dont je t’ai chargé ? »
Quant à ‘Îsâ ibn Mûsâ, lorsqu’il eut reçu son oncle, il fut perplexe et consulta certains de ses proches. L’un d’eux, doté d’un certain discernement, lui conseilla : « Il est dans ton intérêt de ne pas le tuer : garde-le près de toi et fais croire que tu l’as exécuté. Nous craignons en effet qu’il ne t’en réclame publiquement la preuve, et que tu ne répondes l’avoir tué, si bien qu’il exigerait une peine de représailles. Tu affirmerais alors qu’il t’en a donné l’ordre en secret, mais tu serais incapable de le prouver, et il te ferait exécuter pour cela. En réalité, al-Manṣūr veut simplement se débarrasser à la fois de lui et de toi. » Dès lors, ‘Îsâ ibn Mûsâ s’en trouva troublé, cacha son oncle et prétendit l’avoir tué.
Lorsque al-Manṣūr revint de son pèlerinage, il ordonna à ses proches d’entrer auprès de lui pour intercéder en faveur de l’oncle, ‘Abd Allâh ibn ‘Alî. Ils se présentèrent tous, et plaidèrent auprès de lui avec insistance, si bien qu’il accéda à leur demande. Puis il convoqua ‘Îsâ ibn Mûsâ et lui dit : « Ils ont intercédé pour ‘Abd Allâh ibn ‘Alî, et j’ai accepté leur requête. Remets-le donc entre leurs mains. » ‘Îsâ répliqua : « Mais où est donc ‘Abd Allâh ? Je l’ai tué dès que tu m’en as donné l’ordre ! » Al-Manṣūr s’exclama : « Je ne t’ai jamais commandé une telle chose, » et il renia l’idée même de cet ordre. ‘Îsâ produisit alors les lettres que le calife lui avait envoyées pour le presser à maintes reprises, mais al-Manṣūr en nia l’intention et s’obstina. De son côté, ‘Îsâ resta ferme dans son affirmation qu’il l’avait exécuté. C’est alors qu’al-Manṣūr ordonna qu’on le mette à mort en représailles du meurtre de ‘Abd Allâh. Les Banû Hâshim l’emmenèrent donc pour l’exécuter.
Parvenu au lieu du supplice, ‘Îsâ s’écria : « Ramenez-moi auprès du calife ! » On le reconduisit, et il lui dit : « Ton oncle est vivant ; je ne l’ai pas tué. » Le calife rétorqua : « Amène-le-moi donc ! » Al-Manṣūr se trouva décontenancé. Il ordonna alors d’emprisonner ‘Abd Allâh dans une maison dont les murs étaient construits en sel ; durant la nuit, on arrosa ces murs qui s’effondrèrent sur lui, si bien qu’il périt.
Ensuite, al-Manṣūr destitua ‘Îsâ ibn Mûsâ de l’héritage du pouvoir et éleva en son lieu son propre fils al-Mahdî. Il le faisait asseoir au-dessus de ‘Îsâ ibn Mûsâ, à sa droite, et cessait de tourner son attention vers ‘Îsâ, l’humiliant lors des audiences et des conseils, ou lorsqu’il entrait et sortait de sa présence. Il ne cessa de l’éloigner, de le menacer et de l’intimider, jusqu’à ce que ‘Îsâ finît par se démettre de lui-même et prêter allégeance à Muḥammad ibn Manṣūr. Al-Manṣūr lui accorda alors une somme d’environ douze millions de dirhams, et la situation de ‘Îsâ ibn Mûsâ et de ses enfants s’améliora auprès de lui ; il se montra à nouveau bien disposé envers lui, après l’avoir délaissé.
Avant cela, il y eut de nombreux échanges et lettres entre eux à ce sujet, ainsi que des tractations destinées à préparer la bay‘a (investiture) en faveur du fils d’al-Manṣūr, al-Mahdî. Finalement, ‘Îsâ abdiqua, et la population ne jugeait nul autre comparable à al-Mahdî ; il en allait de même pour les cadres et les notables. Al-Manṣūr ne cessa de le presser jusqu’à ce qu’il se soumît de force, moyennant la compensation mentionnée plus haut. Ainsi, l’investiture (bay‘a) d’al-Mahdî se propagea à travers toutes les régions, à l’est comme à l’ouest, proches ou lointaines, et al-Manṣūr s’en réjouit profondément.