Il tarda à recevoir la réponse qu’il attendait au sujet du califat et s’orienta alors vers une réconciliation avec Abû Jaʿfar. Ce dernier demanda la permission à son frère as-Saffâh, qui la lui accorda. Abû Jaʿfar rédigea donc un acte de paix, et Ibn Hubayra le conserva durant quarante jours en consultant les savants. Ensuite, Yazîd ibn ʿUmar ibn Hubayra se rendit auprès d’Abû Jaʿfar à la tête de mille trois cents hommes originaires de Boukhara. Lorsqu’il s’approcha de la tente d’Abû Jaʿfar, il voulut y entrer à cheval, mais le chambellan Salâm l’interpella : « Descends, Abâ Khâlid. » Autour de la tente, se trouvaient dix mille personnes venant du Khurâsân. On l’autorisa alors à entrer, et il demanda : « Moi et ceux qui m’accompagnent ? » On lui répondit : « Non, toi seul. » Il entra donc, on lui disposa un coussin sur lequel il s’assit, et il s’entretint avec Abû Jaʿfar un instant. Puis il se retira, sous le regard d’Abû Jaʿfar.
Par la suite, il vint le voir jour après jour accompagné de cinq cents cavaliers et de trois cents fantassins, ce qui suscita des plaintes auprès d’Abû Jaʿfar. Celui-ci ordonna alors au chambellan : « Dis-lui de venir avec une suite plus réduite. » Dès lors il arriva avec une trentaine d’hommes. Le chambellan lui dit : « On dirait que tu viens prêt au combat. » Il répondit : « Si vous m’aviez ordonné de venir à pied, je serais venu ainsi. » Finalement, il ne se présenta plus qu’avec trois personnes. Un jour, tandis qu’Ibn Hubayra s’adressait à Abû Jaʿfar, il s’écria au cours de la conversation : « Ô toi, là-bas ! » (ou : « Ô toi, homme !»), puis il s’excusa en disant que c’était un simple lapsus de sa part ; Abû Jaʿfar lui pardonna.
As-Saffâh avait écrit auparavant à Abû Muslim pour le consulter à propos de la réconciliation avec Ibn Hubayra, et Abû Muslim l’en avait dissuadé. As-Saffâh ne prenait aucune décision sans le consulter. Lorsque la paix fut finalement scellée par Abû Jaʿfar, as-Saffâh ne l’apprécia pas et exprima sa désapprobation. Il envoya l’ordre à Abû Jaʿfar de tuer Ibn Hubayra. Abû Jaʿfar plaida auprès de lui à maintes reprises, sans succès, jusqu’à ce qu’une lettre d’as-Saffâh parvînt stipulant clairement : « Tue-le sans faute. Il n’y a ni force ni puissance en dehors de Dieu, le Très-Haut, l’Immense ! Comment peut-on accorder la sécurité, puis la trahir ? C’est là l’acte des tyrans. » Il le lui fit jurer. Abû Jaʿfar dépêcha alors un groupe de soldats khurâsâniens qui pénétrèrent auprès de Ibn Hubayra, tandis que son fils Dâwud était à ses côtés, un jeune enfant sur ses genoux, entouré de ses affranchis et de son chambellan. Son fils le défendit jusqu’à être tué, plusieurs de ses mawâlî périrent également, et ils parvinrent enfin jusqu’à Ibn Hubayra. Celui-ci déposa l’enfant, se prosterna à terre, et fut exécuté en pleine prosternation.
La foule s’agita, aussi Abû Jaʿfar proclama-t-il l’amnistie générale, à l’exception de ʿAbd al-Malik ibn Bishr, Khâlid ibn Salama al-Makhzûmî et ʿUmar ibn Dharr. Les esprits se calmèrent. On intercéda en faveur de certains d’entre eux, tandis que d’autres furent mis à mort.
Cette même année, Abû Muslim al-Khurâsânî dépêcha Muhammad ibn al-Ashʿath en direction de Fârs, en lui ordonnant de s’emparer des fonctionnaires d’Abû Salama al-Khallâl et de les décapiter, ce qui fut exécuté. Au cours de cette année, as-Saffâh investit son frère Yahyâ ibn Muhammad du gouvernement de Mossoul et de ses environs, et nomma son oncle paternel, Dâwud, au poste de gouverneur de La Mecque, de Médine et du Yémen.